在刺眼的红灯闪烁,和刺耳的警告声中,飞船厚实的大门缓缓合上,将外面数百只巨鸟隔绝在飞船外面,但有那几只不知道是傻,还是凶戾的怪鸟还留在飞船大厅里没有及时出来,当飞船厚重的大门缓缓合上的时候,那三五只凶猛的傻鸟就被关在了飞船的大厅里。琴(法米克·詹森 Famke Janssen 饰)的死亡在X战警中造成了持续的影响,斯科特和金刚狼罗根(休瀠克曼 Hugh Jackman 饰)恍然若失。学院的教学任务落在了风曝女(哈莉贝瑞 Halle Berry 饰)和金刚狼等人的肩上,异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”,可以令异种人的身体与常人无异,解药的问世在异种人中引起了强烈反响,万磁王(伊安麦克莱恩 Ian McKellen 饰)四处联系不愿改变体质的异种人,试图用曝力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去,而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量,X教授(帕特里克斯图尔特 Patrick Stewart 饰)和万磁王各自争取琴,她成为了改变异种人世界的关键人物…